Le ministère de l'Agriculture, comme la plupart des autres départements ministériels, n'a pas vocation à conserver ses archives d'intérêt historique. C'est pourquoi une mission des Archives nationales a été créée en 1980 pour assurer leur collecte, leur traitement et leur transfert.

La fonction archives étant quasiment inexistante depuis la Seconde guerre mondiale, il existe d'importantes lacunes des fonds de la période 1940-1970.