Ligeo Gestion supporte nativement le thésaurus W (au format SKOS recommandé par les Archives de France). De ce fait, ce dernier peut être mis à jour automatiquement. Il peut être également alimenté par des index qui sont propres au service sachant que les mises à jour des termes de base du thésaurus n’écraseront pas les données.

D'autre part, l'application est en mesure de proposer la création d'autres types d'index. Le service d'archives peut en effet éprouver le besoin de disposer de termes particuliers à sa situation. En partant des balises XML contenues dans les instruments de recherche EAD (), il est possible de créer des listes d'autorités qui deviennent ensuite parfaitement interrogeables.